go富集因子是一种用于基因集富集分析的统计方法。基因集富集分析是为了理解给定基因集合中的基因在功能或生物过程中的富集程度。
go富集因子通过比较给定基因集与整个基因组的相似性,统计计算得出基因集中具有特定功能或生物过程的基因的富集程度。
富集因子的计算可以使用统计方法,如超几何分布或卡方检验。常用的富集因子方法包括基因本体富集分析(Gene Ontology Enrichment Analysis)和通路富集分析(Pathway Enrichment Analysis)。富集因子分析可用于解释和发现基因集的功能和调控机制,对于生物学研究和生物信息学分析非常有用。
因此GSEA可以看作是GO和KEGG的补充和进阶,它检测的是基因集而不是单个基因的表达变化,得到更为理想的结果。
GSEA与传统GO、KEGG分析的区别:
(1)输入文件:GSEA是表达矩阵,传统的富集分析是基因名列表;
(2)排序:GSEA分析前需要根据表达量对基因进行排序,传统的GO、KEGG富集分析不需要;
(3)差异分析:GSEA不需要进行差异分析;
(4)目的:传统的富集分析主要关注的差异显著基因的功能,GSEA关注的是某个生物状态下功能基因集的变化。
GO term柱状图是通过对基因或蛋白质进行GO(基因本体论)富集分析得出的。
柱状图的高度代表具有该GO term的基因或蛋白质的数量,水平轴表示GO term的不同类别,按照GO term的层级结构从上到下排列。
这种柱状图可以用于表达基因或蛋白质的功能特征,从而识别一组基因或蛋白质中的共性功能。
柱状图的颜色可以代表显著性水平,如p值或校正p值,较小的p值表明具有该GO term的基因或蛋白质的数量与期望相比显著偏离。
NMDs图即“Normalized Enrichment Score Distribution plot”是一种用于展示基因集富集分析结果的图表。下面是制作NMDs图的一般步骤:
1. 对数据进行基因级别的富集分析,比如GO、KEGG等。
2. 在结果中找到显著富集的基因集合,并将其根据P值或ES(Enrichment score)排序。
3. 将排序后的基因集合按照原始顺序,对每个基因集合计算一个标准化富集得分(Normalized Enrichment Score),并将其绘制在横坐标上。
4. 接着将从该富集分析得到的所有基因集合的标准化富集得分按照数值大小从小到大排列,将得分分布情况绘制在纵坐标上。
5. 最后将每个基因集合的标准化富集得分和得分分布情况绘制在同一张图上,即可制作NMDs图。
在统计分析软件R中,可以使用enrichplot包来绘制NMDs图。首先需要加载enrichplot包,并读取基因富集分析结果。然后使用enrichplot包提供的enrichNPR函数计算标准化富集得分,最后使用enrichplot包提供的ggNMD函数制作NMDs图。
示例代码如下:
```
#加载enrichplot包
library(enrichplot)
#读取基因富集分析结果
result <- read.csv("enrichment_results.csv")
#计算标准化富集得分
npr <- enrichNPR(result)
#绘制NMDs图
ggNMD(npr, direction = "up")
```
以上是一般的制作NMDs图的步骤,具体细节和参数可根据实际情况进行调整。
工业制氧气四种方法
1、分离液态空气法
在低温条件下加压,使空气转变为液态,然后蒸发,由于液态氮的沸点是‐196℃,比液态氧的沸点(‐183℃)低,因此氮气首先从液态空气中蒸发出来,剩下的主要是液态氧。
2、膜分离技术
膜分离技术得到迅速发展。利用这种技术,在一定压力下,让空气通过具有富集氧气功能的薄膜,可得到含氧量较高的富氧空气。利用这种膜进行多级分离,可以得到百分之九十以上氧气的富氧空气。
3、分子筛制氧法(吸附法)
利用氮分子大于氧分子的特性,使用特制的分子筛把空气中的氧离分出来。
4、电解制氧法
把水放入电解槽中,加入氢氧化钠或氢氧化钾以提高水的电解度,然后通入直流电,水就分解为氧气和氢气。
实验室中有三种常见的制取氧气的方法:一、氯酸钾制取氧气;
二、高锰酸钾制取氧气;
三、过氧化氢制取氧气(实验室中最常见的方法)
。氧气,化学式O₂,相对分子质量32.00,无色无味气体,氧元素最常见的单质形态。熔点-218.4℃,沸点-183℃。不易溶于水,1L水中溶解约30mL氧气。
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