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illumina测序原理?

时间:2024-06-28 20:49|来源:未知|作者:admin|点击:0次

一、illumina测序原理?

Illumina测序原理主要包括以下几个步骤:

文库片段附着到“flowcell上的oligo”:DNA文库两头的序列和芯片上的引物碱基互补,因此可以通过氢键力互补杂交。 待测序的DNA片段通过氢键力与第一种oligo配对从而固定在flowcell上。

被文库片段附着的oligo延伸出互补的DNA链:加入DNA聚合酶和dNTP,flowcell上的oligo做引物,以文库片段为模版,合成出一条全新的DNA链(和原来的文库片段序列完全互补)。

冲走文库片段:加入NaOH碱溶液,破坏氢键力,模版链(文库片段)被冲走,只剩下与芯片通过共价键连接的DNA链。

扩增:使用高通量测序仪对DNA链进行扩增,得到测序结果。

以上是测序的基本原理,具体操作还会受到测序仪的型号、测序的序列、测序的数据分析方法等多种因素的影响。

二、illumina测序仪是什么?

Illumina的测序仪是以flowcell进行测序的,一般的一张flowcell是一个run,像Hiseq2500的话是2张flowcell,也就是一次运行的测序量。每张flowcell上通常都有多个通道,每个通道可以单独测不同的样品,这样的通道就是lane。Hiseq2500的一张flowcell有8条通道,也就是8个lane。 如果上机前使用cbot的话可以每条lane都跑不同的样品,互不干扰,如果直接上机进行快速模式的话就无法区分不同样本了。

三、illumina测序法的技术特点?

现今的生信领域几乎就是和无数的序列打交道,而这些序列的来源就是如今风靡的高通量测序技术,现今的测序不论是测RNA、DNA、miRNA还是ChIP-Seq等等,都是基于NGS(二代测序,next-generation sequencing)的技术发展而来的,目前最为常用的就是illumina公司的测序技术,当然除了illumina公司外还是有其它二代测序技术存在的,ABI公司也有SOLiD测序技术。而之所以被称为二代测序,是因为比一代测序技术提升了非常多,具体体现在速度、准确性、效率等等方面。

四、谁来说说Illumina454ABI测序的区别?

首先从原理上说,Illumina测序芯片是桥式扩增,形成“簇”,终止子法,双向测序;454是磁珠法扩增,利用聚合反应副产物PPi后续反应,得到荧光;ABI的SOLiD系统同样是磁珠法扩增,但利用的是连接反应(具体方法略显复杂)。

其次从性能上说,Illumina测序仪的通量极大,目前的HiSeq X已经达到1.6-1.8T;454则是读长最长(这三款);ABI因为其连接反应测序的特点,其精度应该是最高的。 最后扒一扒他们的短儿,Illumina价格昂贵,尤其后期的极高通量的测序仪不是一般实验室能承受的。

同时他们的仪器或许都有人看管,指定该类仪器只能进行某种生物样本的测序,当然其实性价比依然在;454的缺点,只在这三者中比的话,就是其同聚物准确度偏低;对于SOLiD,就是读长特别短,同时因为SOLiD的测序原理,测序系统都相对复杂,因此SOLiD系统不好升级,到了目前似乎已经很少听说SOLiD系统了。

五、illumina测序技术术语lane和run是什么意思?

Illumina的测序仪是以flowcell进行测序的,一般的一张flowcell是一个run,像Hiseq2500的话是2张flowcell,也就是一次运行的测序量。每张flowcell上通常都有多个通道,每个通道可以单独测不同的样品,这样的通道就是lane。Hiseq2500的一张flowcell有8条通道,也就是8个lane。

如果上机前使用cbot的话可以每条lane都跑不同的样品,互不干扰,如果直接上机进行快速模式的话就无法区分不同样本了。

六、微测序原理?

单细胞测序测序主要包括四个步骤:单细胞分离→全基因组扩增→高通量测序→数据分析。

单细胞测序原理是通过在单个细胞水平上进行测序,解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题,为科学家研究单个细胞的行为、机制等提供了新的方向。

七、ngd测序原理?

NGD测序原理是指通过Next Generation DNA Sequencing(第二代DNA测序技术)实现对DNA序列的高通量、高效率、高准确性的测序过程。NGD测序技术通常分为两个主要步骤:文库构建和测序。1. 文库构建: - DNA样本准备:将待测DNA样本提取并纯化。 - DNA片段化:将DNA样本切割成较小的片段,一般为几百个碱基对长。 - 末端修复:在DNA片段两端进行修复,以便后续连接适配体。 - 适配体连接:将特定序列的适配体连接到片段的两端,以便后续测序。 - PCR扩增:利用特定引物进行PCR扩增,以增加适配体连接片段的数量。 - 文库纯化:通过凝胶电泳、磁珠等方法对扩增产物进行纯化。2. 测序: - 文库负链化:将DNA片段与适配体进行解链,获得template strand和complementary strand。 - 测序引物结合:将特定序列的引物与文库中的DNA片段结合。 - PCR扩增和聚合酶结合:进行多轮PCR扩增和聚合酶结合,使DNA片段的数量倍增。 - 测序反应:通过添加荧光染料的双脱氧核苷酸(ddNTP)和DNA聚合酶,使DNA链延伸过程中停止,并记录每个碱基的信号发光。 - 信号识别和数据生成:通过荧光信号的强度和位置,识别每个碱基的顺序,并生成测序数据。 - 数据分析:将测序数据与参考基因组序列进行比对,进行序列重组和变异等分析。总的来说,NGD测序原理是通过逐个测定DNA的碱基序列,并将其转化为计算机可识别的数据,从而实现对DNA序列的准确、高效、高通量测序。

八、mrna测序原理?

mRNA测序是一种用于检测和分析细胞中mRNA序列的技术。它通过将细胞中的mRNA转录成cDNA,并使用高通量测序技术进行测序,从而获得mRNA的序列信息。mRNA测序的原理包括以下几个步骤:

1. RNA提取:首先需要从细胞或组织中提取总RNA,其中包括mRNA。

2. mRNA纯化:使用特定的试剂或技术,如poly(A)尾寡聚核苷酸纯化,将mRNA从总RNA中分离和富集出来。

3. cDNA合成:通过逆转录反应,将mRNA转录成与之互补的cDNA,以便进行后续的DNA测序。

4. 文库构建:将合成的cDNA片段连接到测序文库中,其中每个cDNA片段都与特定的适配器序列相连。

5. 高通量测序:使用高通量测序技术,如Illumina测序平台,对文库中的cDNA片段进行测序。

6. 数据分析:将测序得到的原始数据进行质量控制和去除低质量序列,然后进行序列比对、基因表达量计算、差异表达分析等生物信息学分析。

通过mRNA测序,可以获得细胞中活跃转录的基因的信息,帮助研究人员理解细胞的基因表达调控机制、发现新的基因和转录本、识别差异表达的基因等。

九、sage测序原理?

SAGE的主要依据有两个。

第一,一个9~10碱基的短核苷酸序列标签包含有足够的信息,能够唯一确认一种转录物。例如,一个9碱基顺序能够分辨262144个不同的转录物(49),而人类基因组估计仅能编码80000种转录物,所以理论上每一个9碱基标签能够代表一种转录物的特征序列。

第二,如果能将9碱基的标签集中于一个克隆中进行测序,并将得到的短序列核苷酸顺序以连续的数据形式输入计算机中进行处理,就能对数以千计的mRNA转录物进行分析。

十、ont测序原理?

NT测序是新一代基于纳米孔的单分子实时电信号测序技术,其各平台的测序原理相同。

DNA/RNA链在马达蛋白的带领下与镶嵌在生物膜上的纳米孔蛋白结合并解螺旋,在生物膜两侧电压差的作用下,DNA/RNA链以一定的速率通过纳米孔通道蛋白,由于DNA/RNA链上不同碱基化学性质存在差异,所以当单个碱基或DNA/RNA分子通过纳米孔通道时,会引起不同电学信号的变化。

通过对这些信号进行检测及对应,即可计算获得相应碱基的类型,完成序列的实时测定。

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